Being inert

Ada masa. Dimana diam menjadi pilihan. Untuk sekedar merampungkan beban.

Ada masa. Dimana pertanyaan tak memerlukan jawaban. Cukup dengan memahami.

Ada masa. Dimana interaksi sosial tak lagi membahagiakan. Sendiri terpekur.

Ada masa. Dimana beban tak lagi sebesar karang. Tapi menjelma menjadi lautan.

Ada masa. Yang terasa tak pernah ada akhirnya.

Image

Blusukan

……………………………….

Blusukan: [1] venture into the streets to speak with the people; [2] wander through slums, traditional markets and other neighborhoods (NYT, 2013). “Artificial blusukan” : art of blusukan most politicians did for 2014 –

……………………………….

Blusukan: turun ke jalan berdialog dg orang-orang; berjalan kaki melewati lumpur/rawa, pasar tradisional dan sekitarnya.

 

 

Software for Plant Breeding Research

Pertama-tama, saya mau sungkem dulu ke teman2 pembaca yang sudah mengirimkan pertanyaan dan komentar tentang sawit di blog saya. Sungkem memohon maaf, karena hampir 5 bulan blog ini mati suri. Mohon maaf karena terlambat sekali dalam merespon pertanyaan. Data penelitian yang menumpuk benar2 menyita waktu dan membuat otak sedikit keriting. Semoga teman2 tidak bosen untuk berkunjung ke blog ini. 

Akhir ini saya lebih banyak berkicau di akun twitter saya : @edsuprianto. Bila teman2 ingin berdiskusi ttg sawit atau hal2 lainnya, monggo kirim mention ke saya di twitter. Mudah2an bisa cepat reply-nya.

Kali ini saya ingin share beberapa free software yang digunakan untuk analisis data pemuliaan. Mungkin saja ada di antara teman2 ada yang ingin ‘mencemplungkan diri’ berkutat dengan data2 penelitian yang berkaitan dg pemuliaan. Beberapa di antaranya masih saya pelajari, dan ternyata memang aplikasinya tidak semudah yang dibayangkan.

1. PLABSTAT

Software ini digunakan untuk analysis of variance, menghitung heritability dan kalkulasi correlation antar sifat (phenotypic correlation) dengan pendekatan Pearson dan Spearman.  Software ini didevelop oleh Prof Utz dari University of Hohenheim -Stuttgart dan bisa di-download pada link berikut:

https://plant-breeding.uni-hohenheim.de/software.html

2. FactoMineR

Software statistik berbasis R, digunakan untuk Principal Component Analysis. Lumayan simple menggunakannya, dan sudah terintegrasi dengan R Commander. Bila tertarik silakan berkunjung ke websitenya: http://factominer.free.fr/

3. Adegenet

Software ini juga berbasis R. Saya gunakan untuk menghitung koefisien korelasi antara dua matriks. Link website: http://adegenet.r-forge.r-project.org/

4. Agricolae

Paket analisis statistik berbasis R yang ditujukan khusus untuk penelitian pemuliaan dengan berbagai rancangan percobaan. Saya gunakan untuk path analysis. Lebih lengkapnya dapat dilihat di http://tarwi.lamolina.edu.pe/~fmendiburu/

5. GenAlEx

Software untuk analisis genetik berbasis Excel. Sangat simple dan mudah dioperasikan. Ada banyak program genetik yang tersedia. Bagi saya software ini digunakan untuk analisis Genetic Distance dan Principal Coordinate Analysis. Software ini didevelop oleh Prof. Peakall dari ANU Australia dan Prof. Smouse dari New Brunswick – USA. Informasi lengkap bisa diakses di http://biology.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

6. QTL Network

Paket software untuk analisis QTL dengan metode yang relatif simple, bila data peta genetik dan data fenotipiknya telah tersedia. Software ini didevelop oleh Prof. Zhu dari Zhejian University – Hangzhou (saya bersyukur pernah bertemu langsung dengan orangnya). Bila tertarik, silakan kunjungi websitenya di http://ibi.zju.edu.cn/software/qtlnetwork/

7. Windows QTL Cartographer

Software ini juga untuk analisis QTL, menyediakan beberapa pendekatan analisis antara lain: Interval mapping dan Composite Interval Mapping. Beberapa peneliti mengatakan software lebih akurat dalam deteksi QTL.  http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm

8. STRUCTURE

Software untuk kajian struktur populasi, dengan menggunakan berbagai input data molekuler. Bila punya keluangan waktu silakan mencoba2, karena proses analisis datanya relatif lama. Software bisa didownload di : http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html

9. TASSEL

TASSEL digunakan untuk asosiasi analisis dan linkage disequilibrium. Programnya sih relatif mudah dipelajari. Hanya saja pengetahuan genetik dan statistik di balik software ini yang lumayan ribet untuk dipahami. 

http://www.maizegenetics.net/index.php?option=com_content&task=view&id=89&Itemid=119

10. MapChart

Didevelop oleh scientist dari Wageningen University. Powerful tool dan informatif untuk pembentukan peta genetik, dan menggabungkannya dengan QTL yang sudah dideteksi. 

http://www.wageningenur.nl/en/show/Mapchart.htm

Baru sadar, sudah 10 software statistik dan genetik yang saya gunakan. Sepertinya ini yg membuat otak saya sedikit keriting dalam beberapa bulan terakhir. Sang supervisor kayaknya masih ingin menambah software baru untuk dipelajari.. 

Image