Software for Plant Breeding Research

Pertama-tama, saya mau sungkem dulu ke teman2 pembaca yang sudah mengirimkan pertanyaan dan komentar tentang sawit di blog saya. Sungkem memohon maaf, karena hampir 5 bulan blog ini mati suri. Mohon maaf karena terlambat sekali dalam merespon pertanyaan. Data penelitian yang menumpuk benar2 menyita waktu dan membuat otak sedikit keriting. Semoga teman2 tidak bosen untuk berkunjung ke blog ini. 

Akhir ini saya lebih banyak berkicau di akun twitter saya : @edsuprianto. Bila teman2 ingin berdiskusi ttg sawit atau hal2 lainnya, monggo kirim mention ke saya di twitter. Mudah2an bisa cepat reply-nya.

Kali ini saya ingin share beberapa free software yang digunakan untuk analisis data pemuliaan. Mungkin saja ada di antara teman2 ada yang ingin ‘mencemplungkan diri’ berkutat dengan data2 penelitian yang berkaitan dg pemuliaan. Beberapa di antaranya masih saya pelajari, dan ternyata memang aplikasinya tidak semudah yang dibayangkan.

1. PLABSTAT

Software ini digunakan untuk analysis of variance, menghitung heritability dan kalkulasi correlation antar sifat (phenotypic correlation) dengan pendekatan Pearson dan Spearman.  Software ini didevelop oleh Prof Utz dari University of Hohenheim -Stuttgart dan bisa di-download pada link berikut:

https://plant-breeding.uni-hohenheim.de/software.html

2. FactoMineR

Software statistik berbasis R, digunakan untuk Principal Component Analysis. Lumayan simple menggunakannya, dan sudah terintegrasi dengan R Commander. Bila tertarik silakan berkunjung ke websitenya: http://factominer.free.fr/

3. Adegenet

Software ini juga berbasis R. Saya gunakan untuk menghitung koefisien korelasi antara dua matriks. Link website: http://adegenet.r-forge.r-project.org/

4. Agricolae

Paket analisis statistik berbasis R yang ditujukan khusus untuk penelitian pemuliaan dengan berbagai rancangan percobaan. Saya gunakan untuk path analysis. Lebih lengkapnya dapat dilihat di http://tarwi.lamolina.edu.pe/~fmendiburu/

5. GenAlEx

Software untuk analisis genetik berbasis Excel. Sangat simple dan mudah dioperasikan. Ada banyak program genetik yang tersedia. Bagi saya software ini digunakan untuk analisis Genetic Distance dan Principal Coordinate Analysis. Software ini didevelop oleh Prof. Peakall dari ANU Australia dan Prof. Smouse dari New Brunswick – USA. Informasi lengkap bisa diakses di http://biology.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

6. QTL Network

Paket software untuk analisis QTL dengan metode yang relatif simple, bila data peta genetik dan data fenotipiknya telah tersedia. Software ini didevelop oleh Prof. Zhu dari Zhejian University – Hangzhou (saya bersyukur pernah bertemu langsung dengan orangnya). Bila tertarik, silakan kunjungi websitenya di http://ibi.zju.edu.cn/software/qtlnetwork/

7. Windows QTL Cartographer

Software ini juga untuk analisis QTL, menyediakan beberapa pendekatan analisis antara lain: Interval mapping dan Composite Interval Mapping. Beberapa peneliti mengatakan software lebih akurat dalam deteksi QTL.  http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.htm

8. STRUCTURE

Software untuk kajian struktur populasi, dengan menggunakan berbagai input data molekuler. Bila punya keluangan waktu silakan mencoba2, karena proses analisis datanya relatif lama. Software bisa didownload di : http://pritch.bsd.uchicago.edu/software.html

9. TASSEL

TASSEL digunakan untuk asosiasi analisis dan linkage disequilibrium. Programnya sih relatif mudah dipelajari. Hanya saja pengetahuan genetik dan statistik di balik software ini yang lumayan ribet untuk dipahami. 

http://www.maizegenetics.net/index.php?option=com_content&task=view&id=89&Itemid=119

10. MapChart

Didevelop oleh scientist dari Wageningen University. Powerful tool dan informatif untuk pembentukan peta genetik, dan menggabungkannya dengan QTL yang sudah dideteksi. 

http://www.wageningenur.nl/en/show/Mapchart.htm

Baru sadar, sudah 10 software statistik dan genetik yang saya gunakan. Sepertinya ini yg membuat otak saya sedikit keriting dalam beberapa bulan terakhir. Sang supervisor kayaknya masih ingin menambah software baru untuk dipelajari.. 

Image

2 thoughts on “Software for Plant Breeding Research

  1. Salam Kenal Pak
    Saya Khairul

    Pak saya mau bertanya tentang kelapa sawit
    saya sedang melakukan penelitian kecil-kecilan semoga bermanfaat besar.
    saya bekerja di konsultan perkebunan sehingga saya keliling perusahaan perkebunan kelapa sawit. dan saya mendapatkan beberapa data yang bermanfaat seperti curah hujan dan produksi kelapa sawit
    saya mau meneliti pengaruh curah hujan dan hari hujan terhadap produksi kelapa sawit
    tujuan untuk mengetahui ada pengaruh curah hujan dan hari hujan terhadap produksi. tujuan akhir saya pak untuk mengetahui jika hujan bertambah 1 mm sehingga berapa kenaikan produksinya. termasuk hari hujan juga pak.

    saya sudah mencoba menggunakan Regresi dengan software SPSS tetapi tidak ada pengaruhnya pak, tetapi dilapangan curah hujan dan hari hujan sangat berpengaruh terhadap pertumbuhan dan produksi kelapa sawit.

    Saya juga membaca buku penelitian kelapa sawit indonesia terbitan PPKS
    dalam tulisan tersebut PPKS meneliti pengaruh iklim menggunakan stepwise regression
    tetapi saya kurang mengerti memakai softwate tersebut pak.

    Mohon bimbingannya pak. semoga hasilnya nanti bermamfaat

    Terima Kasih

    Khairu

  2. Yth, Mas Khairul,

    Terima kasih telah berkunjung ke blog saya. Terkait dengan stepwise regression, saya baru lihat2 konsep dasarnya, karena saya belum pernah menggunakannya. Selama ini saya hanya berkutat di linear regression, analisis keragaman dan analisis korelasi. Ternyata, stepwise regression tidak sesimple multiple linear regression yang saya tahu. Mohon maaf saya belum bisa membantu lebih banyak utk keperluan analisis stepwise regresi Mas Khairul.

    Curah hujan dan sebaran hari hujan merupakan faktor pembatas produksi, karena kelapa sawit membutuhkan ketersediaan air yang cukup, dan terdistribusi secara merata sepanjang tahun. Dalam penentuan kelas kesesuaian lahan, curah hujan dan hari hujan menjadi kriteria pertimbangan penting. Tingkat produksi di daerah Lampung dg curah hujan yang rendah, dan ada rentang waktu 3-4 bulan tanpa hujan menyebabkan produksi sawit di wilayah ini lebih rendah dibanding wilayah lainnya. Hal ini mungkin juga seperti yang Mas Khairul dapatkan faktanya di lapangan.

    Untuk mencapai kesimpulan tersebut, data produksi dari berbagai lokasi dg karakter curah hujan dan hari hujan yang berbeda. Untuk melihat efek curah hujan dan hari hujan terhadap tingkat produksi, analisis sederhana spt analisis of variance bisa digunakan. Dalam hal ini, curah hujan dan hari hujan dikelompokkan dalam kisaran tertentu (tinggi, sedang, dan rendah). Lokasi bisa dijadikan faktor tambahan, dengan variabel produksi TBS atau komponen hasil lainnya (jumlah tandan dan bobot). Bila ada efek yang signifikan dari curah hujan thd tingkat produksi, analisis lanjutan dengan linear/stepwise regression bisa dilakukan. Saya usul, mas Khairul kontak langsung dengan pakar agronomi di PPKS : Dr Iman Yani Harahap, Eka Listia, MS, dan Taufiq C, Hidayat. Beliau2 itu sehari2nya berkecimpung untuk meneliti kajian fisiologis kelapa sawit dan hubungannya dg faktor2 produksi. Mungkin Mas Khairul bisa bertanya langsung via email ke pak Dr Yani (iyh_020464@yahoo.co.id) atau Ibu Eka Listia (firasaki@yahoo.com) mengenai metode stepwise regression antara produksi dan curah hujan.

    Mohon maaf hanya ini yang bisa saya sampaikan. Bila ada hal lain ttg kelapa sawit yang ingin ditanyakan, saya dengan senang hati untuk berdiskusi via blog ini.

    Salam,
    edy

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s